Compete à Unidade da Estrutura Segregada de Auditoria, abreviadamente designado por UESA, em articulação com a autoridade de auditoria dos fundos europeus:
a) Realizar o controlo das operações cofinanciadas pelo Fundo Social Europeu, pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional, pelo Fundo de Coesão e por outros instrumentos, iniciativas e programas relativamente aos quais a Agência, I. P., seja, para este efeito, designada;
b) Assegurar o cumprimento das funções que forem cometidas à Agência, I. P., no âmbito dos procedimentos de auditoria dos fundos europeus e de outros instrumentos, iniciativas e programas relativamente aos quais a Agência, I. P., seja, para este efeito, designada;
c) Prevenir, detetar e comunicar às entidades competentes as irregularidades verificadas no âmbito dos fundos europeus, em especial os fundos da Política de Coesão e de outros instrumentos, iniciativas e programas relativamente aos quais a Agência, I. P., seja, para este efeito, designada;
d) Assegurar a participação da Agência, I. P., em grupos, comissões técnicas de auditoria ou em estruturas de articulação do sistema de auditoria e controlo dos fundos europeus e o relacionamento institucional com outras entidades de auditoria e controlo;
e) Assegurar, em articulação com o Núcleo de Assessoria, Jurídico e Contencioso, o tratamento e acompanhamento de irregularidades no âmbito dos Fundos europeus;
f) Coordenar a participação das demais unidades e dos núcleos nos controlos e auditorias à Agência, I. P.;
g) Assegurar o acompanhamento e a articulação de auditorias externas no âmbito dos fundos europeus e da implementação das respetivas recomendações.