Compete ao Núcleo de Gestão Orçamental, abreviadamente designada por NGO:
a) Preparar a proposta de orçamento, organizar a conta de gerência e os relatórios de execução financeira da Agência, I. P.;
b) Gerir os fluxos financeiros da Agência, I. P.;
c) Assegurar o cumprimento das regras de execução orçamental;
d) Assegurar a gestão financeira, a contabilidade orçamental e patrimonial, arrecadar as receitas e processar e liquidar as despesas inerentes ao exercício da atividade da Agência, I. P.;
e) Assegurar a realização dos procedimentos inerentes à obtenção de cofinanciamento das atividades realizadas pela Agência, I. P.;
f) Assegurar a interlocução, no plano técnico, com entidades nacionais ou internacionais na respetiva área de atuação.