O PROF do Alentejo assume como objetivo e promove como prioridade a defesa e a proteção de espécies florestais que, pelo seu elevado valor económico, patrimonial e cultural, pela sua relação com a história e cultura da região, pela raridade que representam, bem como pela sua função de suporte de habitat, carecem de especial proteção, designadamente:
a) Espécies protegidas por legislação específica:
i) Sobreiro (Quercus suber);
ii) Azinheira (Quercus rotundifolia); e,
iii) Azevinho espontâneo (Ilex aquifolium).
b) Exemplares espontâneos de espécies florestais que devem ser objeto de medidas de proteção específica:
i) Carvalho-negral (Quercus pyrenaica);
ii) Carvalho-roble (Quercus robur);
iii) Teixo (Taxus baccata).