As valências existentes no Hospital de São José integram os departamentos, serviços e áreas funcionais seguintes:
Departamento de medicina, que integra os serviços e áreas funcionais:
Serviço de medicina interna;
Serviço de cuidados intensivos médicos polivalente;
Hospital de dia;
Neurologia/neurofisiologia;
Gastrenterologia;
Departamento de cirurgia geral, que integra os serviços:
Cirurgia geral:
Serviço 3;
Serviço 4;
Departamento de especialidades cirúrgicas, que integra os serviços:
Serviço 6:
Cirurgia plástica e reconstrutiva e queimados;
Cirurgia maxilofacial e estomatologia;
Serviço 7:
Oftalmologia;
Serviço 8:
Otorrinolaringologia;
Departamento de ortopedia, que integra os serviços e áreas funcionais:
Ortopedia:
Serviço 5;
Serviço 9;
Vertebromedular;
Departamento de neurocirurgia, que integra os sectores e áreas funcionais:
Neurocirurgia;
Neurotraumatologia;
Cuidados intensivos;
Cuidados intermédios;
Departamento de cuidados ambulatórios, que integra todas as especialidades e subespecialidades existentes no Hospital:
Consultas externas;
Urgência;
Serviço de patologia morfológica;
Serviço de patologia clínica;
Serviço de anestesiologia;
Serviço de imagiologia;
Serviço de imuno-hemoterapia;
Serviço de medicina física e reabilitação.