A Unidade de Controlo, através do desenvolvimento de processos de inquérito, auditoria ou de outra natureza, tem por missão:
- a)Definir o sistema de controlo de segundo nível e validar de forma sistemática a sua consistência organizacional e normativa;
- b)Garantir a articulação com os órgãos de controlo de alto nível, prestando-lhe o apoio que vier a ser considerado como necessário;
- c)Proceder à análise e avaliação dos sistemas de gestão e controlo de primeiro nível instituídos pelos gestores das intervenções operacionais financiadas pelo FSE, ao controlo sobre as decisões tomadas e, sempre que necessário, sobre os beneficiários finais, bem como ao controlo cruzado junto de outras entidades;
- d)Assegurar o apoio às acções de controlo a promover pelas instâncias comunitárias e nacionais no âmbito do FSE;
- e)Prevenir e combater irregularidades, transmitindo aos gestores das intervenções operacionais as irregularidades detectadas na sequência de controlo contabilístico-financeiro, tendo em vista, quando for caso disso, a tomada de decisão por parte dos referidos gestores sobre a suspensão de pagamentos, a revogação da decisão de concessão do financiamento ou a redução do mesmo.