A DGPDN estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços de Planeamento Estratégico de Defesa, Estudos e de Apoio à Gestão;
- b)Direcção de Serviços de Relações Internacionais;
- c)Direcção de Serviços de Cooperação Técnico-Militar.