O HOJA compreende os seguintes órgãos:
1) De administração:
- a)Conselho de administração;
- b)Director;
- c)Administrador-delegado.
2) De direcção técnica:
- a)Director clínico;
- b)Enfermeiro-director de serviço de enfermagem.
3) De apoio técnico:
- a)Conselho técnico;
- b)Comissão médica;
- c)Comissão de enfermagem;
- d)Comissão de farmácia e terapêutica;
- e)Direcção do internato médico;
- f)Comissão de ética para a saúde;
- g)Comissão de controlo da infecção;
- h)Comissão de humanização e qualidade dos serviços.
4) De participação e consulta:
- a)Conselho geral.