A Direcção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
A Direcção de Serviços de Informação, Gestão e Administração;
A Direcção de Serviços da Agricultura, dos Territórios e Agentes Rurais;
A Direcção de Serviços de Hidráulica e Engenharia Agro-Rural;
A Direcção de Serviços do Regadio e dos Recursos Naturais;
A Direcção de Serviços de Produtos Fitofarmacêuticos e de Sanidade Vegetal;
A Direcção de Serviços da Fitossanidade e de Materiais de Multiplicação de Plantas.