A organização interna do IGeFE, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Departamento de Planeamento e Coordenação Orçamental;
- b)(Revogada.)
- c)Departamento do Orçamento da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior;
- d)(Revogada.)
- e)Departamento de Administração Geral;
- f)Departamento de Gestão e de Recursos Humanos.
- g)Departamento da Rede Escolar e Projetos;
- h)Departamento de Gestão de Infraestruturas Tecnológicas;
- i)Departamento de Sistemas de Informação.