A estrutura orgânica dos serviços centrais do IEFP é composta pelas seguintes unidades:
1) Assessorias:
- a)Assessoria de Auditoria;
- b)Assessoria Jurídica e de Contencioso;
- c)Assessoria de Sistemas de Informação;
2) Gabinete:
- a)Gabinete de Comunicação;
3) Departamentos:
- a)Departamento de Emprego, que integra as Direcções de Serviços de Informação e Orientação Profissional, de Promoção do Emprego, de Colocação e de Programas de Inserção;
- b)Departamento de Formação Profissional, que integra as Direcções de Serviços de Desenvolvimento Curricular, de Recursos Formativos e de Coordenação da Actividade Formativa;
- c)Departamento de Certificação, que integra as Direcções de Serviços de Apoio ao Sistema de Certificação e de Avaliação e Certificação;
- d)Departamento de Gestão Administrativa e Financeira, que integra as Direcções de Serviços Administrativos e Financeiros;
- e)Departamento de Recursos Humanos, que integra as Direcções de Serviços de Pessoal, de Formação Interna e de Desenvolvimento Organizacional;
- f)Departamento de Planeamento Estratégico, que integra as Direcções de Serviços de Estudos e de Planeamento e Controlo de Gestão;
4) Direcção de serviços não integrada em departamentos:
- a)Direcção de Serviços de Instalações.