A Secretaria-Geral do MFAP (SGMFAP), estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços de Inovação e Qualidade;
- b)Direcção de Serviços de Gestão de Recursos;
- c)Direcção de Serviços de Apoio Jurídico e Contencioso;
- d)Direcção de Serviços de Arquivos e Documentação;
- e)Direcção de Serviços de Informação e Relações Públicas;
- f)Unidade Ministerial de Compras.