O Instituto de Informática, abreviadamente designado por II, estrutura-se nas seguintes cinco unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços de Arquitectura, Segurança e Qualidade;
- b)Direcção de Serviços de Organização e Desenvolvimento;
- c)Direcção de Serviços de Operações e Serviços;
- d)Direcção de Serviços de Engenharia e Produção;
- e)Direcção de Serviços de Gestão de Recursos.