A Secretaria-Geral do Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Serviços Jurídicos e do Contencioso;
- b)Direcção de Serviços de Recursos Financeiros e Patrimoniais;
- c)Direcção de Serviços de Recursos Humanos e Organizacionais.