A Agência Portuguesa do Ambiente estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Departamento de Políticas e Estratégias de Ambiente;
- b)Departamento de Alterações Climáticas, Ar e Ruído;
- c)Departamento de Avaliação e Licenciamento Ambiental;
- d)Departamento de Operações de Gestão de Resíduos;
- e)Departamento de Fluxos Especiais e Mercados de Resíduos;
- f)Departamento de Promoção e Cidadania Ambiental;
- g)Laboratório de Referência do Ambiente;
- h)Departamento de Gestão de Recursos Humanos, Financeiros e Patrimoniais.