O funcionamento dos entrepostos deve basear-se, na medida do possível, no princípio de «tudo dentro, tudo fora», assegurando as seguintes condições:
1) As instalações dos entrepostos devem ser reservadas exclusivamente para esse fim e os animais só podem permanecer no entreposto pelo período indispensável à realização das operações inerentes ao objectivo do entreposto, nunca ultrapassando os sete dias;
2) Imediatamente após o seu esvaziamento, deve proceder-se à lavagem e desinfecção dos alojamentos dos animais, assegurando o respectivo vazio sanitário antes da introdução de um novo grupo de animais, bem como outras operações de defesa sanitária e ambiental que sejam determinadas pelos serviços competentes;
3) Os entrepostos devem assegurar um vazio sanitário de 24 horas, cada sete dias, por cada sector independente da instalação, com o seu total esvaziamento, limpeza e desinfecção;
4) Os entrepostos devem possuir e manter actualizado um programa com as medidas de biossegurança previstas;
5) Os entrepostos devem executar as medidas higiénicas, sanitárias e de bem-estar animal que venham a ser impostas pela Direcção-Geral de Veterinária.