A estrutura orgânica dos serviços centrais do IEFP é composta pelas seguintes unidades:
1) Assessorias técnicas:
- a)Relações Públicas;
- b)Informação e Documentação;
- c)Auditoria;
- d)Apoio Jurídico e Contencioso
- e)Relações Comunitárias e Internacionais;
2) Departamentos:
- a)Departamento de Emprego, que integra as Direcções de Serviços de Desenvolvimento e Programas de Emprego, de Informação e Orientação Profissional e de Coordenação Técnica de Centros de Emprego;
- b)Departamento de Formação Profissional, que integra as Direcções de Serviços de Desenvolvimento Curricular, de Formação de Formadores, de Aprendizagem e de Coordenação Técnica de Centros de Formação Profissional;
- c)Departamento de Gestão Integrada de Programas, que integra as Direcções de Serviços de Avaliação e Acompanhamento de Programas e de Programação e Controlo Financeiro;
- d)Departamento de Gestão Administrativa e Financeira, que integra as Direcções de Serviços Administrativos e Financeiros;
- e)Departamento de Recursos Humanos, que integra as Direcções de Serviços de Pessoal e de Formação Interna;
- f)Departamento de Organização e Informática, que integra as Direcções de Serviços de Organização e de Informática;
- g)Departamento de Planeamento, que integra as Direcções de Serviços de Planeamento e Controlo de Gestão e de Estudos do Mercado de Emprego;
3) Serviços específicos:
- a)Direcção de Serviços de Reabilitação;
- b)Direcção de Serviços de Avaliação e Certificação;
- c)Direcção de Serviços de Instalações e Equipamentos.