A ASAE estrutura-se nas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Direcção de Avaliação e Comunicação dos Riscos na Cadeia Alimentar;
- b)Direcção de Serviços de Planeamento e Controlo Operacional;
- c)Direcção de Serviços Administrativos;
- d)Laboratório de Segurança Alimentar;
- e)Gabinete Técnico-Pericial;
- f)Direcção de Serviços Técnicos;
- g)Gabinete de Apoio Jurídico;
- h)Cinco direcções regionais.