A missão do ML-A é a salvaguarda da memória e a construção das identidades locais, numa ótica de desenvolvimento integrado e sustentado.
A satisfação desse desígnio é cumprida com a investigação, conservação, documentação, valorização, divulgação, aquisição e difusão de bens culturais, funções da atividade museal. Embora a investigação e preservação do património, bem como parte de relevante das coleções se centre na área do concelho de Lagoa - Açores, pretende-se, também, abranger um contexto mais alargado sobretudo no que se reporta a coleções de arte, a exposições de longa duração e às temporárias.