A estrutura do ML-A é composta por uma sede e por vários núcleos museológicos que são dotados de áreas de acolhimento dos visitantes, de salas de exposições, área de trabalho, e, na maioria dos casos, de reservas:
1.º O ML-A tem sede no antigo convento de Santo António, construído no século XVIII e classificado como imóvel de interesse público.
2.º A sede do ML-A disponibiliza ao público, para além das áreas expositivas, um espaço de venda com peças ligadas à identidade da coleção exposta e com a natureza do edifício do Convento de Santo António.
3.º A compra de artigos na loja do ML-A não garante a entrada nos espaços expositivos, sendo também dissociada da obrigatoriedade daquele ingresso.
4.º O acesso a exposições temporárias, bem como às exposições patentes na Casa da Cultura é gratuito.
5.º Os núcleos museológicos de tutela camarária que constituem a estrutura do ML-A são: o convento de Santo António, o núcleo museológico da Casa do Romeiro, a Casa da Cultura Carlos César, o núcleo museológico do Cabouco e a Mercearia Central - Casa tradicional.
6.º As reservas dos núcleos que as possuem são condicionadas ao visitante comum. Esse acesso pode ser facultado a investigadores e especialistas, mediante pedido fundamentado à instituição.
7.º Também integram a estrutura da instituição, como entidades parceiras, a Coleção Visitável da Matriz de Lagoa e os núcleos museológicos da Ribeira Chã, ambos sob alçada das respetivas paróquias, e a Tenda do Ferreiro Ferrador, de competência privada.
8.º As entidades parceiras obrigam-se a cumprir os requisitos das boas práticas museológicas, podendo beneficiar da orientação especializada e da divulgação das suas atividades, disponibilizadas pelo ML-A.
9.º O ML-A é uma estrutura dinâmica, disponível para acolher futuramente no seu seio outras entidades parceiras do concelho, cujas atividades sejam consentâneas com a sua área de ação.