O CROA de Santa Cruz é composto por duas áreas de funcionamento:
- a)Uma área de serviço, composta por:
Área de atendimento público;
Sanitários;
Gabinete do médico veterinário;
Sala de consulta veterinária;
Zona de recobro independente do alojamento no CRO;
Enfermaria;
Instalações para higiene (banhos e tosquias);
Armazém para material diverso (material e equipamento limpo, entre outros);
Armazém para produtos de limpeza e desinfeção e materiais de captura;
Armazém para alimentos;
Local para lavagem de material;
Copa;
Balneários masculinos e femininos;
Zona para lavagem e desinfeção de viaturas;
- b)Uma área destinada aos animais, composta por:
Área de celas com capacidade para alojamento de 40 canídeos;
Área de alojamento semicoberto para animais em grupo com capacidade para 44 canídeos;
Instalações individuais para animais agressivos, mais sensíveis ou fêmeas com ninhadas para alojamento de 16 canídeos;
Área de celas com capacidade para alojamento de 40 felídeos;
Área para felídeos inseridos em protocolo CED com alojamento para 50 felídeos;
Área de celas, para isolamento e quarentena de animais suspeitos de Raiva em zona separada, 2 de canídeos e 4 de felídeos;
Parque descoberto para exercício;
Necrotério.