O MMI conta com quatro exposições permanentes, todas elas de temática marítima, e um Aquário de Bacalhaus:
- a)Exposição Faina Maior/Cap. Francisco Marques, dedicada à pesca do bacalhau à linha com dóris;
- b)Exposição da Ria, dedicada às fainas agromarítimas da Ria de Aveiro;
- c)Sala dos Mares, dedicada à identidade marítima dos Ílhavos e ao património marítimo-fluvial do território português. Esta sala inclui ainda a exposição Marear, com a evolução dos instrumentos náuticos desde os Descobrimentos Portugueses até aos nossos dias;
- d)Exposição da coleção de algas de Américo Teles e coleção de malacologia de Pierre Delpeut;
- e)Exposição de pintura e escultura de temática marítima;
- f)Aquário de Bacalhaus;
- g)O pólo museológico Navio Museu "Santo André" evoca a pesca do bacalhau por artes de rede.