A estrutura orgânica dos serviços municipais do Município de Penamacor é representada pelo seguinte índice:
1) Câmara Municipal;
2) Presidência:
2.1) Gabinete de Apoio à Presidência (GAP);
2.2) Gabinete de Apoio aos Vereadores (GAV);
2.3) Gabinete de Contratação Pública, Assessoria Jurídica (GCPAJ);
2.4) Gabinete Médico Veterinário Municipal (GMVM);
2.5) Serviço Municipal de Proteção Civil e Florestas (SMPCF);
2.6) Gabinete de Sistemas de Informação e Transição Digital (GSITI).
2.7) Gabinete de Planeamento Estratégico (GPE);
2.8) Gabinete de Comunicação, Informação e Relações Públicas (GCIRP);
2.9) Unidade Operacional de Serviços Externos (UOSE);
2.9.1) Serviços Urbanos e Ambiente (SUA);
2.9.2) Setor de Infraestruturas, Manutenção e Mercados (SIMM);
2.9.3) Setor Armazém, Parque de Máquinas e Viaturas (SAPMV);
3) Divisão Administrativa e Financeira (DAF):
3.1) Serviço de Gestão Financeira (SGF):
3.2) Serviço de Contabilidade, Economato e Património (SCEP);
3.3) Serviço de Recursos Humanos e Expediente (SRHE);
3.4) Subunidade Orgânica de Apoio ao Munícipe e Tesouraria (SOAMT);
3.5) Serviço de Aprovisionamento e Stock (SAS);
3.6) Espaço Cidadão e Atendimento ao Munícipe (BUAM);
3.7) Serviços Gerais (SG);
4) Divisão de Obras, Planeamento e Urbanismo (DOPU):
4.1) Serviço de Planeamento e Ordenamento do Território (SPOT);
4.2) Serviço de Gestão Urbanística (SGU):
4.3) Serviço de Urbanismo e Edificação (SUE);
4.4) Serviço de Fiscalização
4.5) Subunidade Orgânica de Apoio Administrativo (SAA).
5) Divisão de Ação Social, Cultura e Educação (DASCE):
5.1) Unidade de Educação, Ação Social e Saúde (UEASS);
5.2) Setor da Cultura;
5.3) Biblioteca Municipal eArquivo;
5.4) Espaços Museológicos;
5.5) Turismo e Lazer;
5.6) Desporto, Juventude e Associativismo (DJA);
5.7) Subunidade Orgânica de Apoio e Logística (SAL);