A organização interna dos serviços municipais de Alfândega da Fé obedece a uma estrutura hierarquizada nos termos da alínea a) do n.º 1 do artigo 9.º e artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 305/2009, de 23 de outubro, na sua atual redação, data pela Lei n.º 71/2018, de 31 de dezembro aprovada pela Câmara Municipal e Assembleia Municipal, composta por:
- a)O limite máximo de sete Unidades Orgânicas Flexíveis;
- b)Quatro dirigentes Intermédios de 2.º Grau (Chefes de Divisão);
- c)Três dirigentes intermédios de 3.º Grau;
- d)O limite máximo de quinze Subunidades Orgânicas. (Coordenadores Técnicos e Fiscal Coordenador).