A entidade gestora da Incubadora é o Município de Santa Cruz da Graciosa, através do seu órgão executivo, a Câmara Municipal.
Com o objetivo de dar maior flexibilidade, celeridade de processos e decisões, assim como promover e implementar uma dinâmica verdadeiramente empresarial, poderá proceder-se à contratação de uma empresa especializada para a gestão, dinamização da Startup Graciosa, assim como o apoio/assessoria às empresas do ecossistema da Incubadora.