A organização interna dos serviços municipais de Alfândega da Fé obedece a uma estrutura hierarquizada nos termos da alínea a) do n.º 1 do artigo 9.º e artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 305/2009, de 23 de outubro, aprovada pela Câmara Municipal e Assembleia Municipal, composta por:
O limite máximo de seis Unidades Orgânicas Flexíveis;
Quatro dirigentes Intermédios de 2.º Grau (Chefes de Divisão);
Dois dirigentes intermédios de 3.º Grau;
O limite máximo de doze Subunidades Orgânicas. (Coordenadores Técnicos).