O Conselho Estratégico é um órgão consultivo, não vinculativo e tem as seguintes competências:
- a)Emitir pareceres sobre o plano e relatório de atividades anuais;
- b)Emitir parecer sobre a formação, extinção ou reestruturação das Áreas Temáticas;
- c)Acompanhar a execução das políticas de desenvolvimento estratégico do CiiEM em alinhamento com as estratégias da Egas Moniz;