O CiiEM tem como principais objetivos:
- a)Consolidar a sua posição como um centro de referência nacional e afirmar-se como uma referência internacional na investigação e desenvolvimento das suas áreas temáticas e grupos de trabalho;
- b)Estimular e promover a colaboração entre os seus grupos de investigação;
- c)Fortalecer a qualidade da investigação e inovação e promover o desenvolvimento de projetos multidisciplinares dentro e fora do CiiEM, nomeadamente com o IUEM e a ESSEM, bem como com outras unidades orgânicas;
- d)Estimular e dinamizar a organização de atividades de divulgação da produção científica, com o objetivo imediato de divulgação a nível nacional e internacional;
- e)Atrair financiamento da Egas Moniz, através de programas próprios;
- f)Atrair financiamento nacional e internacional;
- g)Criar oportunidades de desenvolvimento de carreira a jovens investigadores de elevado potencial e a jovens doutorados em áreas complementares e de apoio à investigação, no quadro da legislação aplicável;
- h)Criar oportunidades de investigação e de interação com a investigação, aos alunos do ensino pré e pós-graduado das instituições de ensino da Egas Moniz;
- i)Contribuir para todos os ciclos de estudo das instituições de ensino da Egas Moniz, com particular ênfase na formação pós-graduada.