O CROAA é composto por sete áreas distintas, relacionadas entre si funcionalmente:
1) Canis e Gatis Independentes - secção destinada a alojar os canídeos e felídeos abandonados, errantes ou vadios, capturados pelos serviços competentes da Câmara Municipal de Almeida, ou por determinação das Autoridades Competentes, nos termos da legislação em vigor. Composta por um conjunto de compartimentos independentes, destinados a alojar os animais passíveis de restituição aos respetivos donos ou detentores, nos quais aqueles serão mantidos durante os períodos legalmente estabelecidos. Findo o prazo de reclamação, os animais referidos podem, sob parecer obrigatório do Médico Veterinário Municipal, ser cedidos gratuitamente, quer a pessoas individuais, quer a instituições zoófilas devidamente legalizadas e que provem possuir condições adequadas para o alojamento e maneio dos animais, salvo nas situações especialmente previstas no artigo 15.º deste Regulamento;
2) Zona de alojamento independente constituída por:
- a)Sala multiespécies - para recolha de outras espécies que se encontrem errantes;
- b)Maternidade - sala para alojamento de fêmeas gestantes ou acompanhadas de ninhada com idade inferior a dois meses;
- c)Enfermaria - isolamento de animais com sintomas clínicos de doença ou feridos;
3) Zona de Restrição Sanitária - composta por celas semicirculares destinadas ao isolamento e quarentena de animais agressivos e/ou suspeitos de doenças infetocontagiosas, nomeadamente a raiva, de acesso interdito ao pessoal estranho ao serviço do CROAA, exceto em situações autorizadas pelo MVM ou pessoa por si designada;
4) Posto de Profilaxia Médico-Sanitária - execução das campanhas de profilaxia médico-sanitárias ou de outras ações determinadas pela Autoridade Sanitária Veterinária Nacional Competente, nomeadamente a vacinação antirrábica e a identificação eletrónica de canídeos e felídeos. Composta pelos seguintes espaços:
- a)Serviço de apoio administrativo da competência do Gabinete de Autoridade Veterinária Municipal (GAVM);
- b)Vestiários e Instalações Sanitárias;
5) Zona de Apoio - composta por:
- a)Sala de atos médicos - espaço destinado à armazenagem de fármacos, desinfetantes, outros produtos e materiais, bem como à execução de tratamento dos animais alojados no CROAA;
- b)Sala de armazenagem de rações, materiais e equipamentos para os animais, bem como de outros materiais e equipamentos de apoio ao CROAA, nomeadamente produtos de limpeza e de desinfeção;
6) Sala de Esterilizações e Recobro - realização de esterilizações de animais acolhidos pelo CROAA e encaminhados para adoção. Os animais que não sejam reclamados pelos seus detentores no prazo de 15 dias, a contar da data da sua recolha, presumem-se abandonados e são obrigatoriamente esterilizados e encaminhados para adoção;
7) Zona de Higiene - espaço destinado à higienização dos animais alojados no CROAA, nomeadamente à realização de banhos e tosquias terapêuticos.