O serviço clínica da FMDUP possui estruturas integradas, de ensino, investigação clínica médico-dentária e atividade assistencial, podendo, dentro de um quadro de autonomia, estabelecer protocolos com entidades públicas e privadas. Tem como principal objetivo o avanço, inovação e a aplicação do conhecimento e desenvolvimento científico para a melhoria dos cuidados de saúde oral. O serviço clínica da FMDUP constitui-se como um centro académico clínico altamente qualificado para a prestação de cuidados de saúde oral aos cidadãos e no suporte ao ensino pré e pós-graduado da medicina dentária, assim como apoia e promove a investigação clínica médico-dentária.