A Junta de Freguesia de São João da Madeira apresenta os seguintes setores:
- a)Setor de Coordenação Geral;
- b)Setor Administrativo e Atendimento;
- c)Setor Financeiro, Patrimonial e da Modernização Administrativa;
- d)Setor de Biblioteca e Apoio à Integração de Migrantes.