O Decreto-Lei n.º 311/99, de 10 de Agosto, aplica-se na sua totalidade a todo o território nacional, sendo nas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira as competências atribuídas ao Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas, à Secretaria de Estado das Pescas e à Direcção-Geral das Pescas e Agricultura exercidas pelas estruturas equivalentes dos respectivos Governos Regionais.