I- É à Comissão Europeia que compete praticar o acto de aprovação do saldo relativo às acções que beneficiem das contribuições do FSE, o qual se baseará na certificação feita pelo Estado-membro em relação à regularidade das despesas efectuadas e à veracidade dos aspectos e resultados que tenham sido mencionadas no pedido de pagamento de saldo, certificação essa que, contudo, não se circunscreve a uma mera verificação contabilística, antes envolvendo um juízo sobre a elegibilidade ou não elegibilidade das despesas referidas no pedido de pagamento, tendo em vista atestar a veracidade e a legalidade dos elementos nele constantes perante a Comissão, por forma a que os custos reais da acção correspondam aos custos certificados.
II- A decisão de certificação tomada pelas autoridades nacionais não vincula, nem prejudica a decisão final a proferir em exclusivo pela Comissão.
III- O acto de certificação, da competência do DAFSE, reveste-se antes de uma função meramente instrumental em sede de pagamento do saldo, tendo em vista habilitar a Comissão a adoptar a decisão definitiva nesta matéria, pelo que o DAFSE não pode exigir o pagamento de alegada dívida e desencadear os mecanismos de cobrança coerciva, antes de a Comissão determinar se as despesas têm ou não cobertura legal e se se verifica ou não a obrigação de repor por parte do responsável financeiro da acção.