I- Na base da regra do n.º 4 do art. 66.º do Estatuto Disciplinar ("a decisão do processo será sempre fundamentada quando não concordante com a proposta formulada no relatório do instrutor") está a presunção legal de que a adopção de uma decisão punitiva concordante com a pena proposta no relatório final do instrutor assume a respectiva fundamentação.
II- Segundo a jurisprudência dominante do STA, o art. 100.º do CPA não é aplicável no caso do processo disciplinar, pois neste processo a audiência dos interessados está organizada de forma especial. A defesa da posição do arguido, em processo disciplinar, não exige uma sistemática nova audição entre o relatório final e a decisão punitiva, satisfazendo-se com a audição posterior à acusação e com a obrigatoriedade de ser notificado das novas diligências probatórias realizadas em fase posterior à defesa, designadamente quando se trate de diligências complementares ordenadas oficiosamente pelo instrutor, e que se traduzam, por exemplo, na junção de documentos, informações dos serviços e depoimentos de testemunhas que relevem em desfavor do arguido no juízo probatório.