Ao INUAF cumpre desenvolver e implementar a estrutura orgânica prevista nestes estatutos, bem como organizar, dirigir, coordenar e controlar as actividades académicas, nomeadamente nas suas vertentes pedagógica, científica e cultural.
O INUAF, na qualidade de instituição universitária, deverá cultivar e preservar autonomia científica que a lei lhe confere, procurando, no entanto, em colaboração com a CEUPA, encontrar as melhores formas de cooperação para concretizar a existência de uma instituição de ensino universitário de excelência.