A DGPM tem as seguintes unidades orgânicas flexíveis:
- a)Divisão de Planeamento Estratégico, abreviadamente designada por DPE;
- b)Divisão de Avaliação e Monitorização, abreviadamente designada por DAM;
- c)Divisão de Relações Internacionais e Cooperação, abreviadamente designada por DRIC;
- d)Divisão de Gestão de Programas e Inovação, abreviadamente designada por DGPI;
- e)Divisão Financeira e Patrimonial, abreviadamente designada por DFP;
- f)Divisão de Comunicação Estratégica, abreviadamente designada por DCE.