A Divisão do Controlo de Qualidade, numa perspectiva de protecção da saúde pública e de preservação do ambiente, tem por atribuição assegurar o controlo da qualidade e eficácia, quer do tratamento de água potável, quer do tratamento de águas residuais, bem como o controlo da qualidade da água distribuída e a caracterização dos efluentes, industriais ou outros, recebidos nos colectores públicos.
Compete também à Divisão do Controlo de Qualidade assegurar a boa gestão e funcionamento dos laboratórios que estiverem na sua dependência.
A Divisão do Controlo de Qualidade compreenderá o Sector de Controlo de Qualidade.