Os SMS organizam-se de acordo com as seguintes categorias de unidades e subunidades orgânicas:
- a)Diretor Delegado - unidade orgânica nuclear de caráter permanente, dirigida por um (1) diretor delegado, equivalente a cargo de direção superior de 1.º grau, com funções de coordenação e de gestão das atividades;
- b)Departamentos - unidades orgânicas nucleares de caráter permanente, em número máximo de 6, com competências específicas, a cargo de titulares de direção intermédia de 1.º grau;
- c)Divisões - unidades orgânicas de caráter flexível, em número máximo de 10, que incluem competências de âmbito instrumental e operativo, numa mesma área funcional, a cargo de titulares de direção intermédia de 2.º grau;
- d)Serviços - subunidades orgânicas de caráter flexível, em número máximo de 12, que agregam atividades de natureza executiva de aplicação de métodos e processos, com base em diretivas bem definidas e instruções gerais, nas áreas comuns e instrumentais e nos vários domínios de atuação dos órgãos e serviços, que podem ser dirigidas por um coordenador que, no caso de ser Técnico Superior, corresponderá a cargo de titular de direção intermédia de 3.º grau;
- e)Setor, Área ou Gabinete - subunidades orgânicas, em número máximo de 18, incluídas no âmbito de unidade nuclear ou flexível, lideradas por pessoal com funções de coordenação, na alçada do dirigente da mesma, para o desempenho de funções predominantemente executivas próprias daquelas.