Compete ao Conselho do Agrupamento Científico:
- a)Elaborar e submeter ao director o regulamento do Agrupamento Científico, assim como propostas de alteração;
- b)Deliberar sobre a constituição e a dissolução de secções científicas;
- c)Deliberar sobre as matérias que lhe forem delegadas e pronunciar-se sobre as que lhe forem submetidas para apreciação;
- d)Elaborar e propor ao Conselho Científico a distribuição de serviço dos membros do Agrupamento Científico;
- e)Propor ao Conselho Científico a criação, extinção e alterações aos planos de estudos de programas que envolvam a área científica do Agrupamento, ouvida a respectiva Comissão Científica;
- f)Propor ao Conselho Científico a contratação de professores e de investigadores.