A autonomia das unidades orgânicas rege-se pelos seguintes princípios orientadores:
- a)Princípio da educação inclusiva, no respeito pela integração e envolvimento de todos os alunos, como o exigem os valores da democracia e da justiça social;
- b)Participação nas orientações políticas e pedagógicas do sistema educativo regional;
- c)Defesa da liberdade de aprender e ensinar, no respeito pela pluralidade de métodos;
- d)Democraticidade na organização e participação de todos os interessados no processo educativo e na sua vida;
- e)Capacidade de iniciativa própria na regulamentação do funcionamento e atividades;
- f)Inserção da unidade orgânica no desenvolvimento conjunto de projetos educativos, desportivos e culturais, em resposta às solicitações da comunidade onde cada estabelecimento de educação e de ensino se insere;
- g)Instrumentalidade dos meios administrativos e financeiros, face a objetivos educativos e pedagógicos.