A Reserva Natural das Ilhas Desertas, de acordo com a importância dos valores e recursos naturais presentes e a respetiva sensibilidade ecológica, compreende os seguintes regimes de proteção:
- a)«Reserva Integral», corresponde a toda a área terrestre do Ilhéu Chão, Deserta Grande, Bugio e ilhéus adjacentes, e toda a área marinha adjacente até à batimétrica dos 100 m, localizada a sul do azimute verdadeiro 270º a partir da extremidade oeste da Ponta da Doca e do azimute verdadeiro 90º a partir da extremidade leste da Ponta da Fajã Grande;
- b)«Reserva Parcial», corresponde a toda a área marinha adjacente até à batimétrica dos 100 m, localizada a norte do azimute verdadeiro 270º a partir da extremidade oeste da Ponta da Doca e do azimute verdadeiro 90º a partir da extremidade leste da Ponta da Fajã Grande.