A Reserva Natural das Ilhas Desertas prossegue os seguintes objetivos de gestão:
- a)Compatibilização dos usos e atividades, potenciando os benefícios socioeconómicos que resultem da prática de atividades no âmbito da área protegida e contribuindo para o desenvolvimento socioeconómico sustentável;
- b)Garantia do bom estado de conservação e qualidade ambiental das áreas terrestre e marinha, das suas espécies e habitats, assim como a manutenção da estrutura e função ecológica;
- c)Criação, manutenção e desenvolvimento de condições para a recuperação de ecossistemas terrestres e marinhos relevantes ou representativos que se encontrem em estado de conservação menos favorável por via da intervenção humana ou outra;
- d)Garantia da proteção das características estruturais da paisagem e dos seus elementos geológicos e socioculturais;
- e)Salvaguarda e valorização dos elementos culturais da paisagem;
- f)Promoção de uma política de conservação e preservação do património biológico e geológico;
- g)Promoção do conhecimento do património natural, através da realização de programas de monitorização e de ações de formação, informação e sensibilização para os valores naturais existentes;
- h)Promoção da realização de estudos científicos da bio(geo)diversidade e conservação das condições naturais de referência para trabalhos científicos e projetos em curso;
- i)Garantia da qualidade dos pontos de mergulho existentes, fomentando a criação e referenciação de outros pontos, e salvaguarda das atividades náuticas já existentes;
- j)Promoção de uma correta estratégia de conservação e gestão compatível com a proteção e a valorização dos recursos naturais e o desenvolvimento das atividades humanas, como o turismo de natureza e científico;
- k)Fomento de iniciativas que beneficiem as comunidades locais da Região, a partir de produtos ou prestação de serviços;
- l)Manutenção das atividades humanas tradicionais que sustentem o desenvolvimento económico e o bem-estar das populações residentes na Região, em harmonia com a conservação dos valores naturais e paisagísticos existentes.