A actuação do IJM é disciplinada pelos seguintes instrumentos de gestão e controlo:
- a)Os planos de actividades e financeiro, anual e plurianual:
- b)O orçamento anual;
- c)Os relatórios anuais de actividades e financeiro;
- d)O relatório e conta anual;
- e)Os relatórios mensais de controlo orçamental.