As áreas terrestres e marinhas que integram o Parque Natural das Flores classificam-se nas categorias de áreas protegidas seguintes:
- a)Reserva natural (IUCN I);
- b)Monumento natural (IUCN III);
- c)Área protegida para a gestão de habitats ou espécies (IUCN IV);
- d)Área de paisagem protegida (IUCN V);
- e)Área protegida de gestão de recursos (IUCN VI).