Para além das funções inerentes à categoria de farmacêutico assistente, compete ao farmacêutico assessor:
a) Participar na estruturação, organização, planeamento e coordenação dos serviços;
b) Planificar, coordenar, orientar e avaliar as atividades dos farmacêuticos e de outros profissionais de saúde no âmbito do seu processo de formação, bem como nas atividades de estágios de pré e pós-licenciatura, mestrados e doutoramentos;
c) Desenvolver e coordenar protocolos de estudo relacionados com a sua área de atividade;
d) Integrar comissões clínicas e técnico-científicas com o objetivo da disciplina, racionalização de recursos, melhoria assistencial e a salvaguarda da saúde pública;
e) Responsabilizar-se pela gestão da qualidade dos serviços e implementação de boas práticas e outros referenciais;
f) Assumir a responsabilidade técnica pela seleção, aquisição e conservação de medicamentos, dispositivos médicos e outros produtos de saúde relacionados com a sua área profissional;
g) Assumir a responsabilidade técnica pela gestão de bancos celulares, amostras biológicas, ADN e respetivas bases de dados relacionadas com a sua área profissional;
h) Assumir a responsabilidade técnica pela seleção e conservação de dispositivos médicos in vivo e in vitro, equipamentos e sua correta conservação;
i) Emitir pareceres técnico-científicos;
j) Substituir o farmacêutico assessor sénior nas suas ausências e impedimentos.