Junto do Ministro da Justiça e na sua directa dependência funciona o Conselho Superior de Medicina Legal, ao qual compete:
a) Coordenar a actividade dos institutos, dos gabinetes e dos médicos contratados para o exercício de funções periciais, emitindo directivas científicas sobre a matéria;
b) Propor ao Ministro da Justiça a elaboração de regulamentos nos quais constem as normas técnicas a observar na realização dos exames e perícias previstos no presente diploma;
c) Propor ao Ministro da Justiça a elaboração de recomendações relativas ao ensino da medicina legal e de outras ciências forenses;
d) Aprovar a realização das acções científicas e de formação no âmbito médico-legal para as quais se pretenda o reconhecimento oficial do Ministério da Justiça;
e) Propor ao Ministro da Justiça a autorização de formas de colaboração pedagógica entre os institutos e as universidades ou outros estabelecimentos de ensino superior;
f) Emitir parecer sobre os modelos de cooperação dos serviços médico-legais com outros serviços ou instituições;
g) Emitir parecer sobre as reformas a empreender no sistema médico-legal ou que tenham implicações no seu funcionamento;
h) Propor ao Ministro da Justiça as providências necessárias ao aperfeiçoamento da prestação dos serviços de medicina legal;
i) Propor ao Ministro da Justiça a nomeação dos membros dos conselhos médico-legais;
j) Propor anualmente ao Ministro da Justiça, até 15 de Setembro, o número de vagas de médicos do internato complementar de medicina legal;
k) Propor ao Ministro da Justiça a elaboração de regulamentos contendo a disciplina do concurso de habilitação ao grau de consultor e as regras de ingresso, programa, duração e avaliação final do internato complementar de medicina legal, bem como do período de formação da carreira de técnico-ajudante de medicina legal;
l) Propor ao Ministro da Justiça o número de médicos a contratar nos gabinetes e nas comarcas a que se refere o artigo 78.º, bem como as respectivas remunerações;
m) Proceder à abertura do concurso e à selecção dos médicos a contratar para o exercício de funções periciais;
n) Propor ao Ministro da Justiça a fixação dos preços dos exames requisitados pelos tribunais aos serviços médico-legais, bem como dos serviços por estes prestados às demais entidades públicas e privadas e aos particulares;
o) Propor ao Ministro da Justiça a fixação do valor das compensações e das remunerações referidas no artigo 14.º, n.º 4;
p) Apresentar ao Ministro da Justiça, até 31 de Março do ano seguinte àquele a que respeita, um relatório sobre a situação médico-legal do País, bem como sobre a actividade desenvolvida durante o ano pelo Conselho.