1 - A AI2, E. P. E., organiza-se em:
a) Áreas de investigação e desenvolvimento, classificadas de acordo com a classificação internacional FORD;
b) Domínios estratégicos;
c) Unidade de promoção da inovação.
2 - Cada área de investigação e desenvolvimento constitui uma unidade orgânica, dirigida por um diretor responsável, e dispõe de uma dotação orçamental estável, destinada a financiar investigação fundamental, educação doutoral, carreiras científicas, instituições e infraestruturas científicas e tecnológicas.
3 - As competências relativas aos domínios estratégicos são asseguradas por unidades orgânicas, cada uma dirigida por um diretor responsável, dotadas de financiamento base garantido por receitas provenientes das dotações que lhes forem atribuídas pelo Orçamento do Estado, e devem abranger investigação aplicada, desenvolvimento tecnológico, inovação empresarial, projetos demonstradores de tecnologia e investigação e inovação disruptivas.
4 - Os domínios estratégicos têm natureza transversal e ampla, podendo, igualmente, integrar subdomínios ou missões estratégicas específicas, que abranjam desafios científicos, tecnológicos, económicos ou sociais, com planos de ação próprios e sujeitos a avaliação periódica, assegurando a sua relevância interdisciplinar.
5 - A unidade de promoção da inovação, referida na alínea c) do n.º 1, corresponde a uma unidade orgânica dedicada à promoção da inovação e ao financiamento de projetos de inovação de natureza criativa, que não se enquadrem nos domínios estratégicos.
6 - A unidade orgânica referida no número anterior financia, em articulação com instrumentos nacionais e europeus de apoio à inovação, e com o quadro de estratégias regionais e nacionais de especialização inteligente, iniciativas de base científica e tecnológica com forte potencial inovador, em lógica competitiva, incluindo projetos colaborativos entre entidades do SNCTI e empresas.
7 - As áreas de investigação e desenvolvimento, os domínios estratégicos e a unidade de promoção da inovação podem desenvolver iniciativas e projetos de natureza interdisciplinar, tanto entre unidades da mesma categoria como entre si, assegurando a articulação científica e a complementaridade temática.
8 - A apresentação de proposta de definição e a alocação orçamental dos domínios estratégicos, bem como a alocação orçamental das áreas de investigação e desenvolvimento e da promoção à inovação, é coordenada pelo Centro de Planeamento e de Avaliação de Políticas Públicas (PLANAPP), em articulação com a Direção-Geral da Economia (DGE) e a DGEPA do Ministério da Educação, Ciência e Inovação, sendo precedida de consulta pública aos agentes, entidades, estruturas e redes do SNCTI e ouvidos o Conselho de Administração da AI2, E. P. E., e o CNCTI.
9 - Os domínios estratégicos são determinados tendo em consideração:
a) As prioridades nacionais e regionais de ciência, tecnologia e inovação, refletidas em documentos de planeamento estratégico aprovados pelo Governo, nomeadamente as Estratégias de Especialização Inteligente;
b) As prioridades e domínios estratégicos europeus, nomeadamente os Quadros Financeiros Plurianuais para a área da investigação e da competitividade, o ato legislativo da União Europeia relativo ao Espaço Europeu da Investigação para afirmar a quinta liberdade, o Startup and Scale-up EU e o Horizonte Europa;
c) A análise de resultados e impactos científicos, tecnológicos e económicos de programas anteriores;
d) A análise de exercícios de prospetiva científica, tecnológica e económica;
e) A auscultação de agentes, entidades, estruturas e redes do SNCTI, do setor empresarial, da administração pública, nomeadamente de entidades que atuam atualmente no financiamento e promoção da inovação e empreendedorismo, incluindo IAPMEI, I. P. - Agência para a Competitividade e Inovação, I. P., Portugal Ventures, Startup Portugal, Agência para o Investimento e Comércio Externo de Portugal, E. P. E., Instituto Nacional da Propriedade Industrial e Grupo Banco Português de Fomento, e da sociedade civil.
10 - O procedimento de definição e alocação orçamental dos domínios estratégicos, bem como de alocação orçamental das áreas de investigação e desenvolvimento e da promoção à inovação, envolve as seguintes fases:
a) Mediante auscultação promovida pela AI2, E. P. E., identificação preliminar de oportunidades, necessidades e tendências pelos agentes, entidades, estruturas e redes do SNCTI;
b) Avaliação do planeamento estratégico nacional, incluindo revisão das prioridades regionais, nacionais e europeias e consulta às áreas governativas relevantes, com articulação entre as áreas da economia e da ciência e inovação;
c) Auscultação dos agentes, entidades, estruturas e redes do SNCTI e elaboração de cenários de alocação;
d) Apresentação da proposta de alocação pelo PLANAPP, em articulação com a DGE e a DGEPA, ouvidos o Conselho Consultivo Estratégico, o Conselho Consultivo Científico e o Conselho de Administração da AI2, E. P. E., com percentagens definidas por cada domínio estratégico;
e) Aprovação por resolução do Conselho de Ministros;
f) Assinatura do contrato-programa plurianual.
11 - As áreas de investigação e desenvolvimento, os domínios estratégicos e a unidade de promoção da inovação podem ainda receber fundos de programas que apoiam projetos de investigação colaborativos em domínios estratégicos e de projetos de inovação dirigidos a diferentes graus de maturidade tecnológica desenvolvidos por agentes, entidades, estruturas e redes do SNCTI.
12 - Os domínios estratégicos podem ser revistos e alterados antes do prazo previsto no contrato-programa por resolução do Conselho de Ministros, tendo por base o procedimento descrito nos números anteriores.