A governação do Portugal 2020 obedece aos seguintes princípios gerais:
a) Princípio da governação a vários níveis e da subsidiariedade; que determina que se promova a articulação entre os níveis de governação central, regional e local e se potencie a experiência e os conhecimentos técnicos dos intervenientes relevantes, no respeito pela lei e no pressuposto que as instituições, os agentes e as intervenções mais próximas dos problemas a superar e das oportunidades a realizar são os protagonistas e responsáveis mais eficientes e eficazes;
b) Princípio da igualdade entre mulheres e homens; que determina a integração da perspetiva de género e a proibição de discriminações em razão do sexo, designadamente no que respeita ao recrutamento de pessoal, à participação, ao acesso à informação e ao acesso ao financiamento dos FEEI;
c) Princípio da transparência e prestação de contas; que determina a aplicação à gestão dos FEEI das boas práticas de informação pública dos apoios concedidos e dos resultados obtidos;
d) Princípio da participação; que determina que todos os órgãos que intervenham nas várias fases de execução e avaliação promovam e garantam o amplo envolvimento e participação dos parceiros económicos e sociais e das organizações relevantes da sociedade civil;
e) Princípios da segregação das funções de gestão e da prevenção de conflitos de interesse; que determina a subordinação do modelo de gestão dos FEEI ao primado da separação rigorosa de funções de análise e decisão, pagamento, certificação e auditoria e controlo;
f) Princípio da proporcionalidade; que determina que as regras de execução e de utilização dos FEEI e, nomeadamente, os recursos financeiros e administrativos necessários para a sua preparação e execução, no que se refere ao acompanhamento, comunicação de informações, avaliação, gestão e controlo, devem ser proporcionais à dimensão dos apoios financeiros concedidos, com o objetivo geral de reduzir os encargos administrativos dos beneficiários e dos organismos envolvidos na gestão e no controlo dos programas;
g) Princípio da simplificação; que determina a ponderação permanente da justificação efetiva dos requisitos processuais adotados, designadamente no que respeita às exigências que acarretam para os candidatos a apoio e para os beneficiários das operações, e consequentemente, a correção de eventuais complexidades desnecessárias, privilegiando-se a utilização de informação existente nos órgãos de governação e na Administração Pública;
h) Princípio da racionalidade económica; que determina a subordinação de qualquer decisão de apoio dos fundos à aferição rigorosa da sua mais-valia económica, social e ambiental;
i) Princípio da concentração; que determina a concentração dos apoios do Portugal 2020 num número limitado de domínios temáticos, por forma a maximizar o seu impacto nas dimensões económica, social, ambiental e territorial;
j) Princípios da disciplina financeira e da integração orçamental; que determinam a subordinação das decisões de apoio dos fundos, no que respeita a projetos públicos, à aferição do impacto presente e futuro nas contas públicas e à coerência entre a programação dos FEEI e a programação orçamental plurianual nacional e a integração plena dos fluxos financeiros europeus no Orçamento do Estado.