A autoridade de auditoria tem por missão:
a) Assegurar que os sistemas de gestão e controlo dos PO funcionam de forma eficaz e estão instituídos em conformidade com os requisitos estabelecidos no Regulamento (UE) n.º 1303/2013, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 17 de dezembro de 2013;
b) Prevenir e detetar irregularidades, contribuindo para a correção e recuperação dos montantes indevidamente pagos no âmbito dos FEEI e do FEAC.