1 - Compete à autoridade de auditoria:
a) Elaborar a estratégia de auditoria;
b) Elaborar o planeamento anual das auditorias em operações, em conformidade com a estratégia de auditoria;
c) Identificar os requisitos do sistema de informação para as auditorias em operações, que permita a monitorização de toda a sua atividade;
d) Elaborar a proposta de orientações sistematizadoras para o exercício da atividade de auditoria;
e) Promover a realização periódica de encontros de informação com as autoridades de gestão;
f) Verificar a conformidade do funcionamento do sistema de gestão e controlo de todos os PO;
g) Garantir a realização de auditorias aos sistemas de gestão e controlo, bem como assegurar a execução de controlos sobre operações;
h) Elaborar os relatórios anuais e final de controlo e emitir opinião anual e final de controlo;
i) Assegurar que a autoridade de gestão e a autoridade de certificação recebem todas as informações necessárias sobre as auditorias e controlos efetuados;
j) Contribuir para a capacitação das autoridades de gestão e de certificação, no âmbito das suas competências e sem prejuízo do respeito por uma adequada segregação de funções;
k) Emitir parecer sobre a fiabilidade das contas e a legalidade e a regularidade das despesas cujo reembolso foi pedido à Comissão Europeia, bem como sobre o funcionamento dos sistemas de controlo estabelecidos;
l) Emitir parecer sobre a declaração de gestão referida na alínea a) do n.º 5 do artigo 59.º do Regulamento (UE, Euratom) n.º 966/2012, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 25 de outubro de 2012.
2 - São realizadas diretamente pela autoridade de auditoria, ou através do recurso a auditores externos, as auditorias que visem:
a) Garantir o bom funcionamento do sistema de gestão e de controlo dos PO;
b) Assegurar que as auditorias das operações, a realizar pelas estruturas segregadas de auditoria da Agência, I.P., e do IFAP, I.P., são realizadas com base numa amostra apropriada e suficiente, segundo normas técnicas e metodológicas internacionalmente aplicáveis.
3 - Cabe ainda à autoridade de auditoria coordenar o tratamento da informação relativa às comunicações de irregularidades no âmbito do Portugal 2020 e exercer as demais competências decorrentes da sua designação como serviço de coordenação antifraude (AFCOS), previsto no Tratado sobre o Funcionamento da União Europeia.
4 - Para efeitos do disposto no número anterior, incumbe à autoridade de auditoria:
a) Centralizar as informações relativas a irregularidades detetadas;
b) Promover as ações de articulação que se revelem necessárias;
c) Elaborar, com a colaboração dos restantes intervenientes, as instruções e normas tendentes a um tratamento uniforme das informações referidas na alínea a).
d) Assegurar a cooperação entre as administrações nacionais, as autoridades responsáveis pelas investigações e as autoridades judiciárias, assim como entre estas autoridades e o Organismo Europeu de Luta Anti Fraude (OLAF), em casos de suspeita de fraudes e irregularidades que afetem os interesses financeiros da UE;
e) Acompanhar as investigações e verificações in loco do OLAF, assim como assegurar a implementação das recomendações deste organismo;
f) Liderar a elaboração, a coordenação e a implementação da estratégia nacional antifraude.
5 - Sempre que for considerado adequado, a autoridade de auditoria institui procedimentos específicos para o tratamento das informações e acompanhamento dos processos relativos às irregularidades detetadas, com vista ao integral cumprimento das obrigações decorrentes da aplicação da regulamentação.