Ao inspector-geral, para além das competências atribuídas por lei, compete, em especial:
a) Assegurar o cumprimento das orientações e prioridades definidas pelo Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
b) Dirigir, orientar, coordenar e fiscalizar a actividade da IGCES e emitir as directivas, ordens e instruções necessárias ao seu funcionamento;
c) Elaborar os planos de actividades da IGCES e submetê-los à aprovação do Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
d) Avaliar a actividade da IGCES, elaborar os respectivos relatórios e submetê-los a apreciação do Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
e) Promover a realização das inspecções, auditorias e avaliações previstas no plano de actividades;
f) Ordenar a realização de averiguações e inquéritos;
g) Propor a instauração de processos disciplinares em consequência de acções inspectivas realizadas pela IGCES;
h) Nomear os instrutores dos processos disciplinares;
i) Representar a IGCES nas organizações nacionais e internacionais que integram serviços similares.